Le cluster de Paris-Saclay était l'élément fondateur du projet du Grand Paris, imaginé par Christian Blanc. Ainsi, la loi du Grand Paris du 3 juin 2010 a prescrit la création de l'Établissement public Paris-Saclay (EPPS), ce à quoi aucun autre cluster n'avait droit.
De même, Paris-Saclay occupe une place à part dans la loi de modernisation de l'action publique territoriale et d'affirmation des métropoles (Mapam ou Maptam) du 27 janvier 2014, qui transforme l'EPPS en EPAPS (Établissement public d'aménagement de Paris-Saclay). Presque deux ans plus tard, un décret du 31 décembre 2015 vient enfin confirmer cette transformation, qui est entré en vigueur au 1er janvier 2016.

Qu'est-ce que cela change ?

Comme l'explique le communiqué de l'EPAPS sur sa propre création, la gouvernance de l'établissement est maintenant alignée sur celle d'un établissement public d’aménagement "classique", où les collectivités territoriales sont mieux représentées. Pour autant, la prépondérance de l'Etat – qui a trois représentants au conseil d'administration et y nomme sept "personnalités qualifiées", sur un total de 20 membres – n'est pas vraiment remise en cause. La nouvelle intercommunalité "Communauté Paris-Saclay", née de la fusion de la CAPS et d'Europ'Essonne, n'y a que deux représentants.

La fonction de président du conseil d’administration (CA) et celle de directeur général sont désormais différenciées. 

Lors de la séance du CA du 24 mars 2016, Valérie Pécresse, présidente du Conseil régional d'Île-de-France, a été élue présidente du CA de l'EPAPS. Elle est assistée par le vice-président Paul Delduc, directeur général de l'aménagement, du logement et de la nature (DGALN). Le relevé de décisions de la séance du CA présente la liste complète des membres du CA.

La fonction de directeur général est assurée par Philippe Van de Maele, qui avait déjà succédé, depuis fin octobre 2015, à Pierre Veltz en tant que président directeur général de l'EPPS.

Le comité consultatif, dans lequel les association ont une (très faible) représentation, est reconduit.