Dans un rapport circonstancié, résumé dans un communiqué de presse, la Cour des comptes critique sévèrement la gestion du réseau de transport ferroviaire en Ile-de-France, dénonçant l'inadaptation du réseau aux besoins des usagers, ainsi que ses problèmes de saturation, ses dysfonctionnements récurrents, ses sous-investissements, etc. Les problèmes de fonctionnement des RER B et C font partie de ces critiques. Ni le STIF, ni la RATP, ni la SNCF ne sont épargnés par la Cour.

Abordant les projets Arc Express et "Grand 8", la Cour des comptes estime qu'"une priorité dans l’affectation des ressources disponibles doit être donnée à la modernisation des lignes existantes, dans la mesure où les travaux sur ces lignes ont une échéance de dix-huit mois à cinq ans, alors que les infrastructures nouvelles s’inscrivent dans des horizons de temps beaucoup plus lointains."

Dans une séance de questions-réponses au Sénat, le 26 novembre 2010, le sénateur Jacques Gautier a soulevé ce rapport de la Cour des comptes, tirant l'attention sur les défauts de fonctionnement de la ligne 13 du métro et de la ligne B du RER. En réponse, Nathalie Kosciusko-Morizet, ministre de l'écologie, du développement durable, des transports et du logement et par ailleurs maire de Longjumeau, a dit être "très sévère sur le sujet, en tant qu'élue locale spécialisée dans les RER B et C" et a indiqué qu'"une lettre donnant mandat au préfet de région est en préparation afin de négocier un avenant au contrat de projet en Ile-de-France."